Zestaw fastGEN BCR::ABL1 Cancer firmy BioVendor to wysoce wyspecjalizowane narzędzie badawcze o statusie RUO. Został on stworzony w celu rekordowo szybkiego przygotowania bibliotek sekwencyjnych niezbędnych do genotypowania fuzji genowej BCR::ABL1 przy użyciu technologii sekwencjonowania nowej generacji na platformach firmy Illumina.
Genotypowanie przy użyciu tego zestawu pozwala na bardzo precyzyjną ocenę statusu mutacji w domenie kinazy genu fuzyjnego BCR::ABL1, obejmując kodony od 237 do 510. Detekcja skupia się na starannie wyselekcjonowanych regionach:
- Analizowane eksony: 4, 5, 6a, 6b, 7a, 7b, 8, 9 oraz 10.
- Materiał wejściowy: Zestaw bada cDNA zawierające gen fuzji BCR::ABL1, a ogólny system z rodziny fastGEN świetnie radzi sobie również z próbkami takimi jak DNA izolowane z nowotworu, trudny materiał FFPE oraz wolnokrążące DNA.
- Generowane amplikony: Metoda wykorzystuje krótkie amplikony o długości do 287 par zasad. Zwiększa to drastycznie wydajność diagnostyczną i skuteczność amplifikacji, szczególnie w przypadku wysoce zdegradowanego materiału.
System fastGEN wyróżnia się unikalnym podejściem do optymalizacji pracy w nowoczesnym laboratorium. Krótkie amplikony uzyskiwane są poprzez pojedynczą reakcję PCR z wykorzystaniem hybrydowych starterów ze specjalnymi oznaczeniami.
| Cecha | Specyfikacja |
|---|
| Metoda przygotowania | Pojedyncza reakcja PCR i sekwencjonowanie o wysokim pokryciu |
| Czas przygotowania testu | Poniżej 30 minut |
| Format odczynników | 16 probówek gotowych do użycia Master Mixów |
| Zasada formatu | Jeden Master Mix odpowiada jednemu badanemu pacjentowi |
| Kompatybilność platform | Illumina MiniSeq, MiSeq, NextSeq, NovaSeq |
Zastosowanie odczynników w postaci w pełni gotowej do użycia redukuje całkowity czas przygotowania testu do mniej niż 30 minut. Wymaga to wykonania tylko jednej reakcji RT-PCR. Znacząco obniża to ryzyko błędu ludzkiego i świetnie optymalizuje czas zespołu.
Wszystkie zestawy z rodziny fastGEN można bezproblemowo pulować ze sobą w jednym procesie. Pozwala to laboratoriom na swobodne tworzenie własnych i wielogenowych paneli NGS idealnie dopasowanych do bieżących potrzeb badawczych.
Do zaawansowanej analizy danych surowych w postaci plików FASTQ producent BioVendor udostępnia dedykowane oprogramowanie GENOVESA wraz ze zintegrowanym modułem fastGEN. System ten oferuje pełne wsparcie techniczne i aplikacyjne ułatwiające obróbkę wyników.
